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Pacotes no R

Introdução

O R trabalha com pacotes básicos, que permite realizar a maior parte das análise estatísticas, mas há sempre quem necessite de algo mais, algo diferente, novo. Um exemplo e a geração de um gráfico de correlação com a função coorplot. Seguindo o comando abaixo e sem instalar e carregar o pacote Visualization of a Correlation Matrix ou corrplot, você terá um erro gerado

corrplot(x, type="upper", order="hclust", sig.level=0.01, tl.offset =0.51, tl.pos ="", tl.cex=1, cl.cex = 1, insig = c("pch", "p-value", "blank", "n")) > corrplot(x, type="upper", order="hclust", sig.level=0.01, tl.offset =0.51, tl.pos ="", tl.cex=1, cl.cex = 1, insig = c("pch", "p-value", "blank", "n")) Error: could not find function "corrplot

Entretanto se você tiver este pacote instalado e carregado você terá algo deste tipo:

Gráfico de Correlação do pacote corrplot

Figura 1. Exemplo de um gráfico de correlação entre variáveis.

Mas a solução para esse problema, caso você não possua o pacote (package) coorplot é fácil e rápida de ser resolvida, como veremos neste artigo.

Instalando pacotes no R e R Studio

Pacotes são conjuntos de funcionalidades (funções e dados) distribuídos em conjunto para realizar tarefas específicas. Por exemplo, o pacotes vegan carrega na sua área de trabalho (deixa disponível para uso) um conjunto de ferramentas para análises de dados de ecologia de comunidade. Para usar os pacotes disponíveis no R é necessário entender as diferenças entre baixar (download) o pacote do repositório e carregar em sua área de trabalho. Para baixar algum pacote disponível no repositório CRAN do R é necessário utilizar o comando install.packages() com o nome do pacote entre "" dentro do parênteses (Eco R).

Instalando a partir do Repositório do CRAN

install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"),
		contriburl = contrib.url(repos, type),
		method, available = NULL, destdir = NULL,
		dependencies = NA, type = getOption("pkgType"),
		configure.args = getOption("configure.args"),
		configure.vars = getOption("configure.vars"),
		clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L),
		verbose = getOption("verbose"),
		libs_only = FALSE, INSTALL_opts, quiet = FALSE,
		keep_outputs = FALSE, ...)
Principais argumentos:

pkgs
Caráter dos nomes dos pacotes cujas versões atuais devem ser baixadas dos repositórios.
Se repos = NULL, um vetor de caracteres de caminhos de arquivo de arquivos '.zip' contendo compilações binárias de pacotes. (Os URLs http: // e file: // também são aceitos e os arquivos serão baixados e instalados a partir de cópias locais.) Os diretórios de origem ou caminhos de arquivos ou URLs de arquivos podem ser especificados com type = "source", mas alguns pacotes precisam Ferramentas adequadas instaladas.
Se este argumento estiver faltando ou tiver um vetor de caracteres de comprimento zero, uma caixa de listagem de pacotes disponíveis será apresentada, quando possível, em uma sessão R interativa.

lib
Vector de caracteres informando os diretórios de biblioteca onde instalar os pacotes. Reciclado conforme necessário. Se ausente, o padrão é o primeiro elemento do comando libPaths. Para saber mais insira o comando help(".libPaths") no console do R ou do R Studio.

repos
As bases de URL(s) dos repositórios para usar (baixar o pacote), por exemplo, a URL de um espelho (mirror) do CRAN, tal como:"http://cran.us.r-project.org". Para obter mais detalhes sobre sistemas de URL suportados, consulte a url acima.
Pode ser NULL para instalar a partir de arquivos locais, diretórios ou URLs.

dependencies
Argumento lógico indicando se também deve ser instalado ou desinstalados os pacotes, que os pacotes indicados em pkgs dependem de / link para / importar / sugerir (e assim por diante recursivamente). Não deve ser usado se repos = NULL. Também pode ser um vetor de caracteres, um subconjunto de c ( "Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests", "Enhances").

No R Studio

No R Studio a instalação fica mais simplificada e sem muita linha de comando. Nesta IDE é possível instalar qualquer pacote com apenas dois cliques. Primeiro acessando o memu Tools/Install Packages.... (Figura 2).

Figura 2. Menu de acesso a janela de instalação de pacotes.

Em seguida será exibida a janela Install Packages (Figura 3.). Nela temos as seguintes opções:

Install From
Esta opção refere-se ao comando repos, que já vem listado os Repositórios CRAN e CRANextra, ou seja, o programa se encarrega de procurar nos mais diversos espelhos onde está o pacote e onde pode ser baixado, mais rapidamente.

Packages (separate mutiple with space or comma)
Esta opção, que corresponde ao comando pkgs permite informar qual o ou quais o pacotes deseja instalar. É possível instalar vários pacotes ao mesmo tempo, por exemplo, se for inserido vega corrplot PerformanceAnalytics, serão instalados este três pacotes, aliás recomendo todos eles.

Install to Library
Nesta opção, que corresponde ao comando .libPaths() permite selecionar o local na máquina onde será(ão) instalado(s) o(s) pacote(s).

Install dependencies
Nesta opção, que corresponde ao comando dependencies permite selecionar se os pacotes que necessitams para que os pacotes que estão sendo instalados, devem ser instalados também. Recomendo que deixe marcado.
O pacote PerformanceAnalytics, por exemplo, necessita de dois outros pacotes para ser executado, são eles: xts (eXtensible Time Series) e zoo [S3 Infrastructure for Regular and Irregular Time Series (Z's Ordered Observations) ]. Se está opção não for selecionada o pacote gera erro ao ter suas funções chamadas no R ou no R Studio.

Figura 3. Janela de instalação de pacotes.

Carregando os Pacotes no R e R Studio

No R o comando para carregar um pacote é library(pakcage_name), por exemplo, library(vegan), carrega o pacote vegan (Community Ecology Package), aliás um dos grande pacotes para uso em ecologia, como o próprio nome deixa claro.

No console ao inserir a linha de comando library(vegan) teremos o carregamento de odis outros pacotes permute e lattice, portanto teremos o seguinte resultado:

	
> library(vegan)
Carregando pacotes exigidos: permute
Carregando pacotes exigidos: lattice
This is vegan 2.4-1

Ao carregar o pacote PerformanceAnalytics é carregado automaticamente os pacotes xts e zoo e legend

> library(PerformanceAnalytics)
Carregando pacotes exigidos: xts
Carregando pacotes exigidos: zoo

Attaching package: ‘zoo’

The following objects are masked from ‘package:base’:

as.Date, as.Date.numeric


Package PerformanceAnalytics (1.4.3541) loaded.
Copyright (c) 2004-2014 Peter Carl and Brian G. Peterson, GPL-2 | GPL-3
http://r-forge.r-project.org/projects/returnanalytics/


Attaching package: ‘PerformanceAnalytics’

The following object is masked from ‘package:graphics’:

legend		
No R Studio

O carregamento é mais rápido e fácil, bastando selecionar o pacote que deseja carregar o programa se encarega de carregá-lo. (Figura 4).

Carregamento de Pacotes pelo R Studio

Figura 4. Janela de carregamento de pacotes a partir da IDE do R Studio.


Referências

Eco R – 1b. Primeiros Passos - http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.aspx?id=bie5782:03_apostila:02-entrada

The R Manuals https://cran.r-project.org/manuals.html

Como citar este artigo:
Rodrigues, William Costa, 2016. Pacotes no R. Estatística na Mão. Disponível em: http://estatisticanamao.agroamb.com.br/estatisticanamao/artigos.aspx?Id=7?ID=7. [Acesso em: 20.04.2018].



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